Fundacja została założona przez Polsko-Amerykański Fundusz Przedsiębiorczości, utworzony na mocy ustawy „O wspieraniu demokracji w Europie Wschodniej” (SEED ACT), uchwalonej w 1989 roku przez Kongres USA.
Fundacja, kierowana przez niezależną Radę Dyrektorów, w 2000 roku przyjęła Deklarację Zasad i Celów, potwierdzając podwójną misję, z jaką została utworzona: umacniania efektów polskiej transformacji oraz dzielenia się doświadczeniami Polski z innymi krajami Europy Środkowej i Wschodniej.
W Polsce Fundacja postanowiła koncentrować się na tych grupach społecznych, które wymagały szczególnego wsparcia w procesie transformacji, zwłaszcza na terenach wiejskich i w małych miastach.
Jednym z dwóch zasadniczych celów aktywności programowej Fundacji na terenie kraju jest wyrównywanie szans edukacyjnych, czemu towarzyszą działania na rzecz poprawy jakości oświaty.
Za swój drugi podstawowy cel w działalności krajowej Fundacja uznała wyzwalanie energii obywatelskiej w lokalnych społecznościach, co jednocześnie służy budowie kapitału społecznego.
Swoją misję Fundacja realizuje w trzech obszarach programowych:
Celem fundacyjnych programów w tym obszarze jest wyrównywanie szans edukacyjnych dzieci i młodzieży oraz dążenie do ogólnej poprawy jakości oświaty; tak aby miejsce zamieszkania i warunki materialne nie były przeszkodą w realizacji życiowych aspiracji młodych ludzi. Służą temu stypendia, pozaszkolne projekty edukacyjne, szkolenia i warsztaty dla nauczycieli, a także dodatkowe zajęcia w szkole, wśród nich z języka angielskiego.
Fundacja pobudza i wspiera różnorakie inicjatywy podejmowane w lokalnych społecznościach. Czyni to poprzez projekty w sferze kultury, edukacji, pomocy społecznej, aktywności gospodarczej, a także szkolenia dla liderów społecznych oraz ułatwianie im współpracy i wymiany doświadczeń. Do uwalniania aspiracji rozwojowych oraz rozwiązywania problemów lokalnych społeczności w istotny sposób przyczyniają się organizacje obywatelskie; Fundacja pomaga im sprawniej działać.
Obok działalności na terenie Polski, ważnym kierunkiem zaangażowania Fundacji pozostaje dzielenie się polskim doświadczeniem w zakresie transformacji z innymi krajami regionu. Służą temu stypendia na studia podyplomowe w Polsce dla młodych liderów z krajów Europy Wschodniej, projekty mające na celu przekazywanie polskich doświadczeń, a także wizyty studyjne w Polsce przedstawicieli krajów regionu oraz szkolenia i wsparcie eksperckie.
Polsko-Amerykańska Fundacja Wolności została doceniona przez Międzynarodowe Forum Ekonomiczne w Krynicy, które przyznało jej Nagrodę dla Organizacji Pozarządowej Europy Środkowo-Wschodniej Roku 2008, głównie za przedsięwzięcia o charakterze zagranicznym. Wśród nich najwięcej środków Fundacja przeznaczyła na program „Przemiany w Regionie (RITA)”, służący transferowi polskich doświadczeń i rozwojowi kontaktów polskich organizacji obywatelskich, samorządów lokalnych oraz innych instytucji z partnerami z Europy Środkowej i Wschodniej. W roku 2014 Fundację uhonorowała Rada Atlantycka (The Atlantic Council) przyznając jej Nagrodą Wolności - za pracę na rzecz wspierania społeczeństwa obywatelskiego i demokracji w Europie Środkowo-Wschodniej.
W 2008 roku PAFW podjęła partnerską współpracę z największą pozarządową instytucją grantodawczą na świecie – Fundacją Billa i Melindy Gatesów, co zaowocowało relizacją w Polsce Programu Rozwoju Bibliotek, w wyniku którego, w latach 2008-2015, blisko 4 tysiące bibliotek w małych miejscowościach przekształcono w nowoczesne centra informacji, edukacji, kultury i aktywności obywatelskiej. Program jest realizowany przez Fundację Rozwoju Społeczeństwa Informacyjnego (FRSI), utworzoną w 2008 roku przez PAFW. W 2012 roku Komisja Europejska wyróżniła FRSI nagrodą w konkursie „E-Inclusion Awards”, który nagradza osoby i organizacje realizujące inicjatywy mające na celu promowanie dobrych praktyk w korzystaniu z nowoczesnych technologii informacyjnych i komunikacyjnych oraz przeciwdziałające wykluczeniu cyfrowemu.
Za zgodą Ministra Spraw Zagranicznych Rzeczypospolitej Polskiej Fundacja, w 2000 roku, otworzyła w Polsce swoje przedstawicielstwo, którego celem jest promowanie Fundacji, udzielanie informacji oraz doradzanie Fundacji w związku z realizacją jej zadań. Ważnym wydarzeniem w życiu Fundacji było wybudowanie w 2011 roku w Warszawie własnej siedziby, co otwarło nowe możliwości w realizacji fundacyjnych programów. Z nowoczesnej infrastruktury i zaplecza konferencyjnego korzystają na co dzień uczestnicy i partnerzy tych przedsięwzięć.
